神仏分離（しんぶつぶんり）は、神仏習合の慣習を禁止し、神道と仏教、神と仏、神社と寺院とをはっきり区別させること。
その動きは早くは中世から見られるが、一般には江戸時代中期後期以後の儒教や国学や復古神道に伴うものを指し、狭義には明治新政府により出された神仏分離令（正式には神仏判然令。慶応4年3月13日（1868年4月5日）から明治元年10月18日（1868年12月1日）までに出された太政官布告、神祇官事務局達、太政官達など一連の通達の総称）に基づき全国的に公的に行われたものを指す。
岡山藩や水戸藩、淀藩などの儒教が興隆した藩を中心に神仏分離政策が行なわれた。
神仏分離令は仏教排斥を意図したものではなかったが、これをきっかけに全国各地で廃仏毀釈運動がおこり、各地の寺院や仏具の破壊が行なわれた。地方の神官や国学者が扇動し、檀家制度のもとで寺院に搾取されていたと感じる民衆がこれに加わった。
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政府は神道国教化の下準備として神仏分離政策を行なったが、明治5年3月14日（1872年4月21日）の神祇省廃止・教部省設置で頓挫し、神仏共同布教体制となった。
廃仏毀釈運動は明治以降、第二次世界大戦の敗戦まで一部の過激な神道家とこれに追随した一部民衆が行ったものの、一部地域を除き、民衆には普及しなかった。現代でも神社と寺院の違いが判らない者も多いという。中には神仏習合の風習を受け継いだり復興させたりするところもあるが、神道、仏教のそれぞれの内部では、お互いに忌避するむきもある。